主要區別如下：
1、從生長環境方面，黃苦蕎一般生長於海拔1500米以上的高寒山區，黑苦蕎則是生長於海拔2500米以上的高寒山區；
2、外觀方面黃苦蕎的外殼爲黃灰色，黑苦蕎的外殼爲黑色，脫殼之後差別會變小，黑苦蕎僅比黃苦蕎稍黑；
3、產量方面，黃苦蕎的產量較高，一般畝產在500斤左右，黑苦蕎產量則較低，一般畝產在200斤左右；
4、營養價值方面，黑苦蕎有“黑珍珠”之稱，其生物類黃酮蘆丁含量是黃苦蕎的3至5倍，其它所含有的營養價值都比黃苦蕎高；
4、價格方面黑苦蕎由於其產量少，營養價值高，所以價格也比黃苦蕎高；
5、綜合起來，黑苦蕎製成的苦蕎茶功效自然比黃苦蕎茶的功效要更好，也正是由於營養價值和成本等方面的原因，黑苦蕎茶的價格比黃苦蕎茶的價格要高。
