1、新鮮的金針菇中含有秋水仙鹼，食用後容易中毒。人食用後容易因氧化而產生有毒的二秋水仙鹼，它對胃腸黏膜和呼吸道黏膜有強烈的刺激作用。但是。秋水仙鹼易溶於水，充分加熱後即可破壞，所以，食用鮮金針菇前，應將其在冷水中浸泡2小時，烹飪時要把金針菇煮軟煮熟，以便秋水仙鹼充分分解掉。2、金針菇並不是特別乾淨的食物，雖然是無毒的真菌食物，但也含有較多較多的細菌，生吃時不能確保菌類被完全殺滅，有很大的感染風險，容易引起腹瀉、腹痛等症。
