在短時間保存的情況下，可以將金針菇洗淨，放在水中浸泡，可以達到一定的保鮮作用，適用於保存一到兩天的金針菇。需要較長時間保存的情況下，使用保鮮膜包裹金針菇，使其內部真空。放置在陰涼避光處，保持恆溫，可以保存一個星期左右。不使用冰箱的情況下，金針菇根部稍微留些泥土，使金針菇根部保持活躍性，避免枯死變質。
