1、低溫
黴菌和害蟲在10℃以下不易生長，且泛油、溶化、粘連、氣味散失、腐爛等藥材的變質反應在低溫時也不易發生，所以將藥材放在陰涼乾燥處（如冰箱），有利於保存其有效成分。
2、避光
像花葉類那種在光照時容易起變化的藥材，應貯藏在暗處及陶瓷容器、有色玻璃瓶中，避免陽光直接照射。
3、分類
根據藥材特點分類保管，如刺蝟皮、瓜萎等肉質、甜香的藥材易生蟲，應放在薰庫；遠志、半夏等易黴變，應注意通風、日曬。另外，劇毒藥材更應貼上醒目的標籤，專人保管，防止誤用中毒。
4、密封
種子類藥材（白扁豆、麥芽、薏苡仁等），密封保存可防止老鼠撕咬；容易風化（芒硝等）和揮發（冰片等）的藥材，密閉保存可避免有效成分丟失。密封時，將藥品放在乾淨的玻璃瓶中後，蓋嚴瓶蓋，用蠟轉圈滴在瓶口處封嚴就行了。另外，陶瓷罐、真空袋也是不錯的密封容器。
5、合藏
將花椒與有腥味的動物類藥材（鹿茸、地龍等）一起存放，可防止動物類藥材蟲蛀變質；將澤瀉與丹皮放在一處，澤瀉不易蟲蛀，丹皮不易變質。
