1、泡豆蒸豆
將大豆充分洗淨後，加入3倍量的水浸泡一夜後，倒掉水放進高壓鍋內蒸到大豆用手捏碎的程度，大約45分鐘。如沒有高壓鍋，煮水時一次不要放得太多。爲了保持大豆的原汁原味，最好是蒸。
2、接種納豆菌
將納豆菌用50ml熱水（溫度最好38-45℃，溫度太高會殺死納豆菌）溶解後，均勻地加入到熱大豆中，迅速攪拌均勻，分裝在7個泡沫飯盒裏，厚度大約2cm，上面苫上紗布或者在飯盒與飯盒蓋之間架上一雙筷子，使其充分接觸空氣。因納豆菌是嗜氧菌，接觸空氣是很重要的。但發酵好以後，要蓋好蓋，用膠帶封住口，避免接觸空氣利於長期保存。
3、在恆溫下發酵14-36小時
在乾淨的大泡沫箱內放入幾瓶裝滿50℃熱水的長方形塑膠瓶子，把已接種上納豆菌的泡沫飯盒擺在瓶子上，箱內理想溫度是42℃。如箱內溫度降到38℃時，瓶內重新換入50℃的熱水。如此反覆更換瓶內熱水，發酵14-36小時，大豆表面產生了白膜，有粘絲出現後，大豆就變成了納豆。
