1、兩者的特點不同：（1）水果玉米的特點：植株較矮，分櫱力較強；果穗苞葉上有旗葉。子粒淡黃或白色，胚較大，乳熟期子實柔嫩、富含水溶性多糖、維生素A、維生素C、脂肪和蛋白質等。（2）普通玉米的特點：栽培技術簡單、週期短，具有較高的經濟價值、營養價值和加工價值，深受玉米產業者的歡迎。2、兩者的起源不同：（1）水果玉米的起源：水果玉米起源於前哥倫比亞時期的中美洲和南美洲。（2）普通玉米的起源：中國是普通糯玉米的世界起源中心，栽培歷史悠久。
