1、特點不同：水果玉米植株較矮，分櫱力較強，果穗苞葉上有旗葉。子粒淡黃或白色，胚較大，乳熟期子實柔嫩、富含水溶性多糖、維生素A、維生素C、脂肪和蛋白質等。普通玉米栽培技術簡單，具有較高的經濟價值、營養價值和加工價值。
2、兩者的起源不同：水果玉米起源於前哥倫比亞時期的中美洲和南美洲，中國是普通糯玉米的世界起源中心，栽培歷史悠久。
3、兩者的分類不同：水果玉米從含糖量上分爲普通型水果玉米、超甜型水果玉米、加強甜水果玉米。超甜玉米是可以直接生食的品種。從顏色上分爲：黃色、白色、雙色（黃白相間）、和純白色四種。普通玉米按照顏色可以分爲白色糯玉米、黃色糯玉米、黑色糯玉米（俗稱黑珍珠）、彩色糯玉米（花糯）。
