微波對營養價值幾乎沒有影響。
每種烹調方法都會損壞食品中的維生素和其他營養物質，決定損壞程度是食物烹飪的時間、使用了多少液體和烹飪的溫度。 在康奈爾大學進行的研究中，科學家們研究了烹飪方法對蔬菜中對熱最敏感的營養物質水溶性維生素的影響，如通常存在於蔬菜中的B族維生素和維生素C， 他們發現，用微波爐烹煮的菠菜幾乎能保留所有的葉酸，但如果用普通爐竈，則會損失約百分之七十七。他們同時還驚訝地發現，用微波爐烹飪的培根醃肉與普通方法烹飪的相比，其中含有的致癌物亞硝胺水平顯著降低。至於蔬菜，如果用微波爐烹飪只存在一個問題，那便是如果加了水，就會大大加快營養物質的流失。
