建議不要生吃，跟黃豆一樣，綠豆中同樣含有抗營養因子如蛋白酶抑制劑、皁甙，它們可能刺激腸胃，導致輕度消化不良。豆芽生吃可能會中毒。
豆芽質嫩鮮美，營養豐富，但吃時一定要炒熟。否則，由於豆芽中含有胰蛋白酶抑制劑等有害物質，食用後可能會引起噁心、嘔吐、腹瀉、頭暈等不良反應。因爲大豆類含有抗營養成分的物質（如抗凝血素、胰蛋白酶抑制素及生物鹼等），不利於營養的吸收。因此，凡是豆芽都應該炒熟了吃；而且綠豆芽最好在起鍋之前放點醋，不但味美，還能保護維生素C等營養成分不丟失。黃豆芽則最好是燉肉（或骨頭）吃，這樣可以使人體充分地消化吸收豆瓣中豐富的蛋白質和油脂。
