農業土地使用權作價入股的登記流程是：1、註冊資本中以土地使用權出資的，公司章程應當就土地使用權出資事宜做出規定。2、其次，委託具有相關資質的評估公司評估土地使用權的價值。評估之後，纔有可能確定自己的股份大小。3、接着，要將土地使用權過戶登記於公司的名下。4、而且要注意非貨幣財產的比例問題。【法律依據】《公司法》第二十七條規定：“對作爲出資的非貨幣財產應當評估作價，覈實財產，不得高估或者低估作價。法律、行政法規對評估作價有規定的，從其規定”。
