1、冰櫃保存：如果曲奇餅乾在還有餘溫的時候就放入密封容器中，曲奇會放出熱量，產生冷凝水，這樣曲奇會變得溼軟了。又薄又脆的曲奇更適宜用密封容器保存。如果發現薄脆曲奇有點溼軟，可以把它們放到烤盤上，以121℃烤焙5-7分鐘，這樣可以讓其重拾脆感。而先把曲奇凍硬，然後解凍，同樣可以得到同樣的效果。
2、密封容器保存：要使它們保持溼軟有咬勁，可以往密封容器裏面放入一片面包，或者一片蘋果(用蘋果則需要每天更換一次)。也可以用微波爐讓發硬的曲奇變得柔軟，只要墊上廚房紙巾，以高火加熱15-20秒即可。
3、蠟紙保存：至於冷藏的曲奇，則需要單層保存，或者在每層之間墊上蠟紙保存。如果曲奇的形狀比較多樣或者是冷軋餅乾的話，也是同樣方法保存。曲奇棒則很容易保存了，只要在烤焙完成後在烤盤上蓋上一層鋁紙或保鮮膜即可。當然，也可以把曲奇棒轉移到容器或碟子上，同樣的用鋁紙或保鮮膜包好即可。
