公司剋扣績效工資可以投訴舉報；申請勞動仲裁；打勞動保障熱線12333投訴，這個電話全國統一，投訴時需要實名投訴，要提供本人的身份證號碼、姓名。到當地力資源和社會保障局的勞動監察大隊投訴。這些機構是專業處理勞資糾紛的。
若公司可以說明不是剋扣工資，是依法計算只是由於出勤、雙方約下的獎金方面的原因而減發工資的，則以上機構是不會處理的。在這種情況下若認爲公司確爲剋扣的，可以提起勞動仲裁。
法律依據：
《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》
第五條發生勞動爭議，當事人不願協商、協商不成或者達成和解協議後不履行的，可以向調解組織申請調解;不願調解、調解不成或者達成調解協議後不履行的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁;對仲裁裁決不服的，除本法另有規定的外，可以向人民法院提起訴訟
