微生物製劑產品，俗稱活性益生菌。其常常被定位爲保健產品。事實上，當水質或是魚蝦的健康狀況惡化時，使用微生物製劑往往適得其反。尤其是大量使用類似活菌酵素或是以糊精、米糠麩、黃豆粕和黃豆粉爲載體的微生物製劑，會因爲投放的載體分解，造成水體負擔，加速水質惡化。相較於傳統的水質操作方式，使用微生物製劑被認爲是較爲先進的水質管理模式，往往被寄予高標準的成果檢驗。當沒達到預想效果時，大多數養殖戶會放棄使用微生物製劑，而不追究具體緣由。
