微生物次生代謝是指微生物在一定的生長時期，以初級代謝產物爲前體，合成一些對微生物的生命活動無明確功能的物質的過程。這一過程的產物，即爲次級代謝產物。有人把超出生理需求的過量初級代謝產物也看作是次生代謝產物。次生代謝產物大多是分子結構比較複雜的化合物。根據其作用，可將其分爲抗生素、激素、生物鹼、毒素及維生素等類型。
