1、水中微生物與水的營養度有關，水中越多適合微生物生長的元素就會加快微生物生長，舉例最常見的就是磷。控制水質的營養度即可控制微生物的數量。光照、溫度等也會影響。2、最主要的仍然是水的營養度。此外，強光照（殺菌）和低溫（控制微生物的繁殖）都可控制微生物。
