儒學在宋明時期已僵化，他們的思想與傳統儒學有差異，仍可視爲是對儒學的發展，是對儒學的批判繼承。
李贄反對道學家爲了擡高自己，故意把孔子吹捧爲神聖。他甘願冒着“非聖無法”的罪名，自稱“異端”，破除對孔子思想的迷信。他抨擊男尊女卑的觀念，稱讚司馬相如與卓文君的自由戀愛，讚揚寡婦再嫁，誇讚武則天是傑出的女政治家。
黃宗羲、顧炎武、王夫之是明末清初的儒學家。當時中國民族矛盾與階級鬥爭十分激烈，他們反對君主專制獨裁主張人民爲主，重視手工業和工商業的發展。同時批判繼承傳統儒學，構建起具有時代特色的思想體系，促使我國傳統文化重新煥發生機。
