薰魚應該冷凍，冷凍可以保存更久，且冷凍室可以更好的保存薰魚的口感。薰魚在放入冰箱冷凍室的時候，儘量用塑料包裝袋包裝好，防止水汽進入（冰箱內的溼度較大）。另外，在取出薰魚食用時，儘量在油鍋內再炸一下，這樣可以恢復一下口酥感。
