已切過的洋蔥，必須放入密封保鮮袋中保存，隔絕空氣接觸，避免水份散失。切開的洋蔥的味道會比其他食材的味道濃郁一點，直接將其置於冰箱中冷藏保存的話，會造成冰箱中的味道比較重，所以切開的洋蔥在溫度適宜的情況下，可以將直接將洋蔥置於保鮮袋中，放在陰涼透風處保存。
切開的洋蔥可以用保鮮膜置包好後置於冰箱中保存，或者是在切口處撒上一定量的食用鹽後，用保鮮膜包好放入冰箱中冷藏或是冷凍保存，這樣也是能將洋蔥中含有的營養價值保存的比較完全的，保存的時間大概在一週左右。
洋蔥經過長時間貯存後通常會遭到微生物的入侵，其中出現頻率最高的是青黴，經過新陳代謝後它會產生展青黴素，這種物質會造成人體的胃腸道功能紊亂、腎臟水腫等病症，所以洋蔥出現腐爛現象的時候，最好就不要吃了，即便是沒有腐爛的部分也不要留下。
