蛋白質二級結構指它的多肽鏈中有規則重複的構象，限於主鏈原子的局部空間排列，不包括與肽鏈其他區段的相互關係及側鏈構象。二級結構主要有a-螺旋、b-摺疊、b-轉角。常見的二級結構有a-螺旋和b-摺疊。二級結構是通過骨架上的羰基和酰胺基團之間形成的氫鍵維持的，氫鍵是穩定二級結構的主要作用力。
