蛋白質的二級結構是指蛋白質的多肽鏈中有規則重複的構象，限於主鏈原子的局部空間排列，不包括與肽鏈其他區段的相互關係及側鏈構象。二級結構主要有α螺旋、β摺疊、β轉角。常見的二級結構有α螺旋和β摺疊。二級結構是通過骨架上的羰基和酰胺基團之間形成的氫鍵維持的，氫鍵是穩定二級結構的主要作用力。蛋白質的二級結構指肽鏈中的主鏈藉助氫鍵，有規則的捲曲摺疊成沿一維方向具有周期性結構的構象。
