蛋白質二級結構是指多肽鏈主鏈原子的局部空間排布，不包括側鏈的構象。它主要有α－螺旋、β－摺疊、β－轉角和無規捲曲四種。兩條以上肽鏈或一條肽鏈內的若干肽段平行排列，通過鏈間羰基氧和亞氨基氫形成氫鍵，維持β－摺疊構象的穩定。
1、α-右手螺旋類型：
α-螺旋爲右手螺旋，每一圈含有3.6個aa殘基（或肽平面），每一圈高5.4Å。即每一個aa殘基上升1.5Å，旋轉了100度，直徑爲5Å，2個二面角（ф，ψ）＝（-570，-480）。
2、β-摺疊類型：
肽鏈在空間的走向爲鋸齒摺疊狀，二面角（ф,ψ）＝（-119℃，+113℃）。維持β-摺疊的力量是摺疊間的氫鍵；它產生於一個肽平面的C=O，與相鄰肽鏈的在空間上鄰近的另一個肽平面的N-H之間；兩條肽鏈上的肽平面互相平行，有平行式和反平行式兩種。
