企業怕勞動仲裁的原因是企業侵犯勞動者的合法利益，害怕勞動仲裁機構裁定企業承擔相應的法律責任，如支付二倍工資、罰款等。【法律依據】《勞動爭議調解仲裁法》第五十一條規定，當事人對發生法律效力的調解書、裁決書，應當依照規定的期限履行。一方當事人逾期不履行的，另一方當事人可以依照民事訴訟法的有關規定向人民法院申請執行。受理申請的人民法院應當依法執行。
