對於除了心肌細胞以外的體細胞，有氧呼吸總共可以產生36個ATP分子。心肌細胞因爲具有蘋果酸穿梭從而可以產生另外2個ATP分子，總計38個ATP分子。動物細胞有氧呼吸分爲三個階段：第一階段發生在細胞質基質，稱爲“糖酵解”，這一過程與無氧呼吸的第一階段相同，消耗2個ATP分子，產生4個ATP分子，淨產生2個ATP分子。第二階段和第三階段在線粒體內進行，其中第二階段無ATP產生，的三階段因爲有氧氣加入參與反應，可以產生大量（34個）ATP分子。
