生物學的證據不斷更新，準確的說法尚未提出。但大致的思路是一致的,，鯨起源於一種陸生中小型遠古動物。早期人們認爲鯨的祖先隸屬偶蹄目動物，有人認爲更類似豬，有人認爲更類似河馬類動物。不過最近的研究可能比較傾向於中獸，中獸屬於踝節目，而踝節目又代表了早期有蹄類進化的主幹。所以兩類假說只是小出入，即起源分化時間的不同。
