事實勞動關係的處理方法有：協商、申請勞動爭議調解程序、申請勞動爭議訴訟程序等。【法律依據】根據《勞動爭議調解仲裁法》第五條，發生勞動爭議，當事人不願協商、協商不成或者達成和解協議後不履行的，可以向調解組織申請調解；不願調解、調解不成或者達成調解協議後不履行的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁；對仲裁裁決不服的，除本法另有規定的外，可以向人民法院提起訴訟。
