對司法鑑定有疑議的處理辦法是：
一、堅持申請重新鑑定。
二、向司法行政機關投訴反映，以達到撤銷違法司法鑑定結論的目的。
三、主動蒐集其他證據推翻鑑定結論，使得鑑定結論不能作爲定案證據。
【法律依據】
依據爲最高人民法院《關於民事訴訟證據的若干規定》第27條規定“當事人對人民法院委託的鑑定部門作出的鑑定結論有異議申請重新鑑定，提出證據證明存在下列情形之一的，人民法院應當准許：
(一)鑑定機構或鑑定人員不具備相關的鑑定資格的;
(二)鑑定程序嚴重違法的;
(三)鑑定結論明顯依據不足的;
(四)經過質證認定不能作爲證據使用的其他情形”內容，以及第28條規定“一方當事人自行委託有關部門作出的鑑定結論，另一方當事人有證據足以反駁，並申請重新鑑定的，人民法院應予准許”等內容。
