司法鑑定結論異議有以下處理方式：1、申請重新鑑定。2、主動蒐集其他證據推翻鑑定結論,使得鑑定結論不能作爲定案證據。【法律依據】《司法鑑定程序通則》第三十一條規定，有下列情形之一的，司法鑑定機構可以接受辦案機關委託進行重新鑑定：（一）原司法鑑定人不具有從事委託鑑定事項執業資格的；（二）原司法鑑定機構超出登記的業務範圍組織鑑定的；（三）原司法鑑定人應當迴避沒有迴避的；（四）辦案機關認爲需要重新鑑定的；（五）法律規定的其他情形。
