明清時期戶部掌全國疆土、田地 、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。其內部辦理政務按地區分工而設司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其他衙門的部分庶務，職責多有交叉。例如清代戶部總的執掌是管理全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉、財政等事宜，其機構按地區劃分爲江南、浙江、江西、福建、湖南、山東、山西、河南、陝西、四川、廣東、廣西、雲南、貴州等14個清吏司，並設有八旗俸餉處、現審處、飯銀處、捐納處、內倉等機構，辦理八旗俸餉、捐輸等事。其部內的行政事務則由南、北檔房、司務廳、督摧所、當月處、監印處分別管理。隸於戶部的機構還有掌鑄錢的錢法堂及寶泉局；掌庫藏的戶部三庫；掌倉儲及漕務的倉場衙門。戶部尚書主管全國戶口、賦役方面的政令。侍郎掌稽覈版籍、賦役實徵等會計統計工作。其日常工作有爲移民墾荒，招撫安置流民，以魚鱗圖冊、黃冊爲根據，抑制豪民兼併；以限田裁異端之民；以樹藝課農官。
