南瓜要保存在乾燥通風、無日曬、無蟲無鼠的地方，保持常溫就可以，不要放在冰箱中。平時需要食用的時候，要挑選表皮有磕碰的和不夠老的首先食用；個頭比較大的，一次吃不完的在切開的時候要保證菜刀清潔，不能粘油污，把切開剩餘的一半切口直接貼上一張乾淨的紙張就可以繼續存放了。也可以暴露切面，讓其自然風乾繃皮繼續存放，不過無論哪種存放都不能接觸油污。
