改善土壤養分供應狀況：微生物肥料主要通過各種菌劑促進土壤中難溶性養分的溶解和釋放改善了土壤中養分的供應情況、通氣狀況及疏鬆程度；促進作物生長：微生物肥料的使用，促進了刺激素即植物生長調節劑的產生，調節、促進作物的生長髮育。微生物菌劑的使用，可以促進赤黴素、生長素和其他活性物質的產生；增強作物抗病抗逆能力：微生物肥料中部分菌種具有分泌抗菌素和多種活性酶的功能，抑制或殺死致病真菌和細菌。
