全額事業單位和差額事業單位的區別主要體現在含義、穩定性以及包括範圍三個方面。全額撥款事業單位也稱爲全供事業單位，是其所需的事業經費全部由國家預算撥款的一種管理形式；差額撥款事業單位，按差額比例，財政承擔部分，由財政列入預算；單位承擔部分，由單位在稅前列支，如醫院等。
穩定性不同：對於全額事業單位而言，是相對穩定，是基於跟着國家進行調控，存在着一定的穩定性；而差額事業單位存在的變動可能性非常大，存在很大不確定的因素，因此也影響着工作的穩定性。
涉及範圍不同：差額事業單位包括醫院等有收入的又承擔政府社會職能的單位；自收自支管理的事業單位，主要是一些原來國有企業的行業主管局;
全額撥款的事業單位主要有圖書館、文化館、各級公辦學校、黨校、檔案局、文化中心、農業局下屬的森防管理事業單位、動物疫病控制中心、城建局下城市維護管理的如園林處等內容。
