已購公房和商品房在交易方式、價格、相關政策方面都有所不同。已購公房是指城鎮職工根據國家和縣級以上地方人民政府有關城鎮住房制度改革政策規定，按照成本價購買的公有住房，依照地方人民政府規定的住房保障政策購買的經濟適用住房。商品房是指在市場經濟條件下，具有經營資格的房地產開發公司通過出讓方式取得土地使用權後經營的住宅均按市場價出售，商品房可以在市場上自由交易，而且不受政策限制。
已購公房以成本價購得的房屋，雖也可以取得房屋所有權，但它不同於完全意義上的商品房房屋所有權，其房產證上有未繳納土地出讓金等的標註，而以市場價購買的公房，則可以取得商品房房屋所有權證。因此，以成本價和市場價購得的住房，在轉讓時亦有所不同。以成本價購買的房屋，在再行轉讓時，出售方應繳納營業稅、城市維護建設稅、教育費附加、印花稅、土地增殖稅和個人所得稅等，而對於買受方來說，則需繳納土地出讓金、過戶手續費、印花稅、契稅等。
