微生物的營養方式有：腐生、寄生、自養。
微生物是指一切肉眼看不到或看不清楚，因而需要藉助顯微鏡觀察的微小生物。微生物包括原生動物、真菌和細菌、病毒。其中病毒屬於寄生生活。細菌有營寄生生活的，有營腐生生活的。真菌有營寄生生活的，也有營腐生生活的，也有自養的，例如藍藻等。
腐生是生物體獲得營養的一種方式。凡從動植物屍體或腐爛組織獲取有機物維持自身生活的生物叫“腐生生物”。大多數黴菌、細菌、酵母菌及少數高等植物都屬“腐生生物”。
寄生即兩種生物在一起生活，一方受益，另一方受害，後者給前者提供營養物質和居住場所，主要的寄生物有細菌、病毒、真菌和原生動物。
自養即利用自己製造的有機物來維持生活的營養方式。
