微生物可以進行有氧呼吸或者無氧呼吸，微生物的無氧呼吸也可稱爲發酵，可具體分爲酒精發酵或乳酸發酵兩種。微生物分解作用是微生物將有機物逐步降解，最終生成無機物返回無機環境的過程，包括細胞外分解和細胞內分解，即微生物分泌酶到細胞外，將細胞外的大分子有機物分解成小分子有機物，然後再吸收進入細胞。原生動物等通過內吞作用把大分子有機物吞入細胞內，然後在酶的催化下分解成小分子有機物和細胞呼吸。
