酸菜在醃製的過程中不可避免的會產生亞硝酸鹽，而如果一公斤酸菜中亞硝酸鹽含量超過一百五十毫克，就會引起中毒，此外，酸菜在醃製過程中，產生致癌的亞硝酸化合物，易誘發癌症，特別是黴變的酸菜，其致癌作用更爲明顯；大量吃酸菜易形成結石，醃製的酸菜中，含有大量草酸和鈣，由於酸度高，食用後不易在腸道內形成草酸鈣被排出體外，而被大量吸收，在腎臟排泄時會產生不易溶解和吸收的草酸鈣，從而形成結石，另外，醃製酸菜過程中，維生素C被大量破壞，人體如果缺乏維生素C，使抑制腎內草酸鈣結晶體沉積和減少結石形成的能力
