1、任職期限不同
德國聯邦總統任期5年，經再次選舉只可以連任一次，但德國總理任職屆數沒有明確限制，例如，現任德國總理默克爾已經是第四個任期內。
2、職權不同
德國的總統作爲國家元首，不屬於聯邦政府成員，地位就像君主立憲制國家的君主，只擁有形式上的權力和榮譽，沒有指揮決策的實權，而德國聯邦總理是德國的政府首腦，領導聯邦政府的各項工作。
3、產生方式不同
德國總理由議會選舉產生，代表自己所在的的執政黨執政，聯邦總統由聯邦大會經討論而選舉產生。凡年滿40週歲並享有聯邦議院選舉權的德國人均可參選。對聯邦總統故意違反德國《基本法》或其他聯邦法律的行爲，聯邦議院或聯邦參議院可向聯邦憲法法院提出彈劾請求。聯邦憲法法院經確認可宣告聯邦總統喪失職權。
