花甲肉營養成分十分豐富，花甲肉是含鋅的。另外花甲肉還含有高蛋白質、低脂肪、碳水化合物，以及碘、鈣、磷、鐵等多種礦物質和維生素。並且花甲肉的不飽和脂肪酸較高，易被人體消化吸收。除了以上營養成分外，花甲中還含一種具有降低血清膽固醇作用的代爾太7—膽固醇和24—亞甲基膽固醇，它們兼有抑制膽固醇在肝臟合成和加速排泄膽固醇的獨特作用，從而使體內膽固醇下降。
