員工擅自離職用人單位應當結清工資，但勞動者的擅自離職行爲如給用人單位造成損失，應賠償損失。【法律依據】《勞動合同法》第三十七條：勞動者提前三十日以書面形式通知用人單位，可以解除勞動合同。勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。第九十條：勞動者違反本法規定解除勞動合同，或者違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制，給用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任。
