員工自動離職後，用人單位應該支付工資。但是，如果勞動者自動離職給用人單位造成的損失，用人單位可以單獨起訴勞動者要求該勞動者承擔。如果用人單位拒絕支付工資，勞動者可以申請勞動仲裁，要求用人單位支付其應得的工資報酬。
【法律依據】
《勞動法》第九十一條規定，用人單位有下列侵害勞動者合法權益情形之一的，由勞動行政部門責令支付勞動者的工資報酬、經濟補償，並可以責令支付賠償金：
（一）剋扣或者無故拖欠勞動者工資的；
（二）拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的；
（三）低於當地最低工資標準支付勞動者工資的；
（四）解除勞動合同後，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的。
