乳酸菌在常溫下只能短時間保存，否則可能變質或活性下降。活性乳酸菌飲料必須在冷藏的條件下運輸、銷售和儲存，否則在很短的時間內，裏面的活性菌就會大量死亡，造成活性下降，從而失去保健功能，甚至可能變成有害無益。如果是乳酸菌飲料，室溫保存可以3-5天，時間不宜太長，如果是其他乳酸菌食品，建議冰箱4-5度保存，乳酸菌不宜在室溫下保存。如果單單是爲了使該菌存活，也最好不要室溫保存，因爲過了指數生長期後，會漸漸衰老。
