吃蓮子的時候感到有苦味是因爲蓮子中間的青綠色胚芽沒有清除乾淨，這種青綠色胚芽即蓮子心，它性味苦寒，歸心，腎經，有極好的藥用功效。
蓮子心主要含蓮心鹼、異蓮心鹼、甲基蓮心鹼、前荷葉鹼、荷葉鹼、牛角華塑、甲基紫堇杷靈、去甲基烏藥鹼，以及木犀草甙、金絲桃甙、芸香甙等黃酮類物質。其中前荷葉鹼、牛角花素、甲基紫堇杷靈帶有苦性，所以蓮子心是苦的，成熟的蓮子心尤爲苦。蓮心雖然味苦，其中所含生物鹼卻有藥效，中醫認爲它有清心，去熱，止血，澀精的藥效，可治心煩，口渴，吐血，遺精，平和五臟之氣。
若實在不喜蓮子心的苦味，可去蓮心後食用。去蓮子芯的方法如下。
新鮮蓮子去芯：用手將蓮子掰開，取出蓮子心；也可用牙籤從蓮子的底部將蓮子心推出；幹蓮子去芯：先用水泡軟蓮子，再用小刀在蓮子中間橫劃一圈，掰開蓮子殼，取出整顆蓮子，再用牙籤從蓮子中間穿過帶出蓮子心，拔出蓮子心即可。
