石花菜顏色有紫紅、 深紅或絳紫色, 在受多光的海區生長的往往呈淡黃色。新鮮的石花菜藻體色澤十分鮮豔。石花菜藻體直立叢生, 羽狀分枝, 互生或對生, 枝呈扁平或亞柱形。藻體分枝很多, 主枝生側枝, 側枝上生小枝, 各種分枝的末端尖形。整個藻體上部分枝較密, 下部分枝較稀疏。石花菜藻體的基本構造可分爲兩部分, 即皮層和髓部。髓部由數十條平行縱列的長圓柱狀細胞所構成。皮層最外面一層細胞排列緊密, 表面被有厚膜, 細胞內有色素體, 是進行光合作用的場所。石花菜生長屬於頂端生長, 它的每一個分枝的頂端都有一個
