木耳不屬於微生物，木耳是營腐生生活的真菌，在生態系統中屬於分解者。生態系統包括生物成分和非生物成分。生物成分包括生產者、消費者和分解者。生產者主要指綠色植物，能夠通過光合作用製造有機物，爲自身和生物圈中的其他生物提供物質和能量；消費者主要指各種動物，在促進生物圈中的物質循環起重要作用；分解者是指細菌和真菌等營腐生生活的微生物，它們能將動植物殘體中的有機物分解成無機物歸還無機環境，促進了物質的循環。
