一、根莖區別
石菖蒲的根莖粗度爲2-5mm左右，並有着淡淡的芳香，它的顏色爲淡褐色，根莖是肉質的，上面還有很多的鬚根，節間的長度通常爲3-5mm。
水菖蒲的根莖是橫走的，粗度是5-10mm左右，同樣有芳香，但它是黃褐色的。它的肉質根是5-6cm左右，鬚根都是毛髮狀的。
二、葉子區別
石菖蒲的葉子是很薄的，是線形的，長度差不多是在20-30cm左右，有時可達到50cm。它的葉色爲暗綠色，無中肋。
水菖蒲的葉子是劍狀的線形，長度會更長一些，有90-150cm左右。它的葉子爲綠色，十分光亮，有着十分明顯的中肋。
三、習性區別
石菖蒲喜歡在半陰的環境下生長，很害怕被陽光直接照射，喜歡溼潤的環境。
水菖蒲同樣喜歡在溼潤處生長，它是喜歡溫暖的，環境的額溫暖度應在20-25℃左右。
