一、葉片的區別
石菖蒲的葉片顏色爲暗綠色，呈線形，長約20-50釐米，從基部對摺，中部以上均平展。而水菖蒲顏色稍淺，綠色，爲劍狀線形，較長，大概90-150釐米，
二、花的區別
石菖蒲爲三棱形花序，長約4-15釐米，肉穗花序爲圓柱狀，上部直立或者稍彎，漸尖，花的顏色爲白色。而水菖蒲花序稍微扁一點，肉穗花序近直立或者斜向上，呈狹錐狀圓柱形，花的顏色爲黃綠色。
三、根莖區別
石菖蒲根部呈扁圓柱形，長約3-20釐米，直徑約0.3-1釐米，表面的顏色較深，呈灰棕色或者棕褐色。而水菖蒲根部比前者更粗大，直徑約1-1.5釐米，分枝少，顏色稍淺，最淺可至白色。
