種皮來自於珠被（母本），隨種子的成熟，胚珠的珠被經不同程度的變化而形成，雖然多少有例外，但裸子植物和被子植物合瓣花類是由一層構成的，離瓣花類和單子葉植物是由二層構成的。由二層構成的種皮，特分爲內種皮和外種皮。
種皮結構的多樣性是由珠被的數目和厚度、細胞的厚壁化、機械細胞的分佈、色素和有機物的沉積、細胞的退化消失、表皮細胞的特化等組合原因而形成的。
傘形科和菊科的珠被細胞內含物減少，種皮成爲薄膜狀。在百蕊草、玉米中看不到種皮。如臭鬆屬珠被和胚乳都消失，也看不到種皮的發育，幼胚直接由子房壁被覆，棉、柳的種皮表皮細胞細長延伸成爲纖維細胞。
