例外原則是指高層領導應保留的處理例外事項的決定權和控制權，是與聯能化原則緊密相連的。高層領導把常規性的管理事務的權力分解給各職能部門，以能用更多的時間和精力來決策重要問題，這並不是說就不再處理具體的事務。在組織的管理過程中會出現兩種“例外”，一是由於新情況的不斷出現，則會產生某些職能部門原權限中未列入的事項; 二是各職能部門之間，職能部門和下層人員之間在工作中難免會出現各種矛盾，而這些矛盾是不能自己解決的，這些例外情況就需要高層領導來直接處理。可以說，例外原則是職能化原則的補充，排除例外原則就不能有效地建立職能化組織。
