破譯“第二遺傳密碼”正是“蛋白質結構預測”從理論上最直接地去解決蛋白質的摺疊問題，這是蛋白質研究最後幾個尚未揭示的奧祕之一。“蛋白質結構預測”屬於理論方面的熱力學問題，就是根據測得的蛋白質的一級序列預測由Anfinsen原理決定的特定的空間結構。蛋白質氨基酸序列，特別是編碼蛋白質的核苷酸序列的測定現在幾乎已經成爲常規技術，從互補DNA（cDNA）序列可以根據“三聯密碼”推定氨基酸序列，這些在上一世紀獲得重大突破的分子生物學技術，大大加速了蛋白質一級結構的測定。隨着人類基因組計劃的勝利完成，解讀了人類DNA的全序列，蛋白質一級結構的數據增長必定會出現爆炸的態勢，而空間結構測定的速度遠遠滯後，因此二者之間還會形成更大的距離，這就更需要進行蛋白質結構的預測。
