1、反應物不一樣，三羧酸循環反應物是乙酰輔酶A、草酰乙酸等等，氧化磷酸化主要是NADH、FADH2等。
2、中間產物不一樣，三羧酸循環的中間產物有α-酮戊二酸、蘋果酸等等，氧化磷酸化有QH等。
3、反應酶也不一樣，三羧酸循環的反應酶類有檸檬酸合酶、α酮戊二酸脫氫酶等等，氧化磷酸化有琥珀酸脫氫酶、細胞色素氧化酶等。
4、終產物也不一樣。三羧酸循環主要產生GTP、NADH、FADH2、CO2等，而氧化磷酸化是將NADH、FADH2等進一步用於電子傳遞和質子梯度，最終要O2作爲電子受體，將質子梯度用於合成ATP。
