1.選擇適宜的營養物質：由於微生物營養類型複雜，不同微生物對營養物質的需求是不一樣的，因此首先要根據不同微生物的營養需求配製針對性強的培養基。
2.營養物質濃度及配比合適：培養基中營養物質濃度合適時微生物才能生長良好，營養物質濃度過低時不能滿足微生物正常生長所需，濃度過高時則可能對微生物生長起抑制作用。
3.控制pH條件：培養基的pH必須控制在一定的範圍內，以滿足不同類型微生物的生長繁殖或產生代謝產物。
4.控制氧化還原電位：不同類型微生物生長對氧化還原電位的要求不一樣，需要選擇適合的。
5.原料來源的選擇：在配製培養基時應儘量利用廉價且易於獲得的原料作爲培養基成分，特別是在發酵工業中，培養基用量很大，利用低成本的原料更體現出其經濟價值。
6、滅菌處理：要獲得微生物純培養，必須避免雜菌污染，因此對所用器材及工作場所進行消毒與滅菌。對培養基而言，更是要進行嚴格的滅菌。
